水原三星夺得2008赛季K联赛冠军

2009年亚足联冠军联赛，水原三星对阵鹿島鹿角赛前合影

水原三星隊的吉祥物Aguileon

前韓國國家足球隊教練金皓（英语：Kim Ho）是原三星的第一個K聯賽賽季的教練。它們在參賽第一年就於季後賽獲得了聯賽亞軍。水原隊第一個聯賽冠軍是在1998年得到的，隔年衛冕成功，自那時開始；水原隊確立其在韓國足壇的地位。

水原三星在2001年及2002年兩度成為亞洲冠軍盃冠軍，水原三星在成立短短五年，就登上亞洲足壇的頂點。而水原隊在這兩年的亚洲超级杯也都得到冠軍，如此證明，水原隊在這兩年度完全稱霸亞洲足壇。

水原三星隊上曾有許多韓國國家足球隊陣中的明星球員，如李雲在、金南一、宋鐘國。其他K聯賽著名外援也都效力過水原三星，如丹尼斯·拉克季奥诺夫（英语：Denis Laktionov）、萨沙·德拉库利奇（英语：Saša Drakulić）、佐兰·乌鲁莫夫（英语：Zoran Urumov）以及加布里埃尔·波佩斯库。

金和於2003年離開水原隊，取代他的是大韓民國足球傳奇車範根。球隊的管理階級都相信在他的帶領之下，水原隊可以再創佳績，成為亞洲一流球隊。

車範根上任隔年就帶領球隊贏得2004年K聯賽下半季的冠軍。同時也確保球隊在季後賽的席位，最後水原三星在季後賽決賽中遇上浦項制鐵；水原隊在點球大戰中，以4-3擊敗對手，贏得2004年賽季的總冠軍。

2008年，水原三星在車範根的帶領下，再一次奪得常規賽的冠軍，最後在總決賽中客場1:1主場2:1擊敗首爾FC奪得總決賽冠軍，並奪得當年的韓國聯賽杯冠軍隨後有勇奪了泛太杯的冠軍，成為三冠王。

2019年，水原三星於決賽以两回合总比分4-0击败韩国第三级别球队大田國铁捧杯。水原三星前后5次捧得南韓足總盃，也成为南韓足總盃夺冠次数最多的球队。

2023年，K联赛收官战，水原三星0-0战平江原FC，因进球数劣势排名垫底，历史首次降入K2联赛[1][2]。